Τα νοσοκομεία αναφοράς για τον κορωνοϊό σε όλη τη χώρα, ορίστηκαν από το υπουργείο Υγείας για να υποδέχονται και να αντιμετωπίζουν κρούσματα ή πιθανά κρούσματα της ασθένειας Covid-19. Σε όλα τα νοσοκομεία αναφοράς έχουν καθοριστεί ειδικοί θάλαμοι μόνωσης, ενώ σε κάθε υγειονομική περιφέρεια υπάρχει τουλάχιστον ένα νοσοκομείο αναφοράς που διαθέτει θάλαμο αρνητικής πίεσης. Αυτά είναι τα ακόλουθα:

1η ΥΠΕ:

Βασικό: ΓΝ Νοσημάτων Θώρακος Αθηνών «Η Σωτηρία»,

Αναπληρωματικό: ΓΝ Αθηνών «Ο Ευαγγελισμός»

2η ΥΠΕ:

Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ «Αττικόν»,

Αναπληρωματικό: ΓΝ Ελευσίνας «Θριάσιο»

3η και 4η ΥΠΕ:

Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Θεσσαλονίκης ΑΧΕΠΑ,

Αναπληρωματικά: Πανεπιστημιακό ΓΝ Αλεξανδρούπολης, ΓΝ Πτολεμαΐδας «Μποδοσάκειο»

5η ΥΠΕ:

Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Λάρισας,

Αναπληρωματικό: ΓΝ Λαμίας

6η ΥΠΕ:

Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Πατρών «Παναγιά η Βοήθεια», 

Αναπληρωματικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Ιωαννίνων

7η ΥΠΕ:

Βασικό: Πανεπιστημιακό ΓΝ Ηρακλείου,

Αναπληρωματικό: ΓΝ Χανίων «Ο Άγιος Γεώργιος»